阴茎短小病因分为先天性和后天性两类。先天性因素包括染色体异常（如克氏综合征）、隐睾或内分泌疾病（低促性腺激素性性腺功能减退），导致青春期阴茎发育不良。

后天性因素多为青春期肥胖、包茎限制海绵体发育，或长期雌激素暴露抑制雄激素作用。此外，心理因素（如体像焦虑）可能放大主观感受，实际测量符合正常范围。需通过激素检测、染色体分析和体格检查明确病因。